De acordo com a resolução 213 do CNJ, "A audiência de custódia será realizada na presença do Ministério Público e da Defensoria Pública, caso a pessoa detida não possua defensor constituído no momento da lavratura do flagrante."
Isto dá a entender que a presença do órgão é indispensável. Todavia, tenho percebido uma tendência a não reconhecer qualquer tipo de ilegalidade na ausência do Ministério Público, sobretudo quando intimado para tanto.